Aplikace lze v Allegro Framework spouštět následujícími způsoby:

Menu

Standardní způsob, jak získat přehled o dostupných aplikacích a umožnit jejich spouštění.

Kód

Jednou z širokých možností uživatelských nastavení, které Allegro Framework nabízí, je přiřazení vlastního kódu ke zvoleným aplikacím. Tyto pak lze otevírat zadáním kódu do odpovídajícího vstupního pole na stavovém řádku. Pro aktivaci tohoto pole lze použít klávesovou zkratku Alt+C.

Vytváření aplikačních kódů ale nabízí ještě jednu velmi zajímavou vlastnost - zaškrtnutím jednoho nebo více kódů se zajistí automatické spuštění přiřazené aplikace ihned po startu Allegro Framework.

Identifikátor

Další možností je použít unikátní identifikátor přidělený aplikaci programátorem. Vstupní pole se seznamem těchto identifikátorů je umístěno na stavovém řádku a je dosažitelné také klávesovou zkratkou Alt+I.

Desktop

Poslední způsob nabízí Desktop. Ten obsahuje vlastní nabídku aplikací upravených pro spuštění na vlastní ploše. Pokud při ukončení Desktop zůstaly otevřeny některé jeho aplikace, jsou tyto při následujícím otevření Desktop automaticky spuštěny. Touto vlastností v kombinaci s uplatněnou možností spustit Desktop po startu Allegro Framework lze docílit podobného efektu, jako je označení aplikačních kódu pro automatické spuštění (viz. výše).